Bình ắc quy xe Vario có chức năng cấp nguồn điện cho toàn bộ xe, để khởi động xe bằng nút đề, cấp điện cho hệ nhiên liệu, hệ thống Fi và hệ thống điện nổ. Vì vậy, nếu bình ắc quy bị hỏng thì xe sẽ không có điện và không thể nổ máy được.
Tất cả các dòng xe Vario đều được thiết kế bình ắc quy 4Ah có điện áp 12V và có kích thước bình là 113 x 70 x 105 mm. Bình này có dung tích khá nhỏ, nên một số xe lắp nhiều phụ tải điện đặc biệt là xe có hệ thống phun xăng điện tử sẽ bị thiếu điện.
Vì vậy, bên cạnh bình ắc quy nguyên bản, nhiều người dùng lựa chọn lắp bình ắc quy có dung lượng lớn như 5Ah hoặc 6Ah. Tuy nhiên, bạn cần đảm bảo kích thước bình ắc quy phải vừa với vị trí hộc đựng bình trên xe.

GS là nhà cung cấp bình ắc quy cho Honda, được lắp cho xe Vario xuất xưởng. Đây là loại ắc quy chì axit, có nguồn điện ổn định và giá thành hợp lý nên được rất nhiều người dùng yêu thích.
Globe là loại ắc quy chì axit được cả giới thợ xe và người dùng đều yêu thích. Ắc quy Globe nổi bật với sự ổn định, chống rò điện, khả năng cấp điện tốt và chế độ bảo hành linh hoạt.
Lithium là loại ắc quy thuộc phân khúc cao cấp, có chất lượng cực tốt do được ứng dụng công nghệ sản xuất hiện đại. Ắc quy Lithium nổi tiếng với khả năng nạp xả mạnh mẽ và tuổi thọ cao, lên đến 6 - 8 năm.
Bình ắc quy có dấu hiệu bị yếu điện hoặc hỏng, không thể nạp xả điện, không thể cấp điện để xe khởi động thì sẽ cần thay mới.
Theo khuyến cáo của Honda và các hãng ắc quy, xe Vario sau khi chạy 2 năm thì nên thay mới bình ắc quy nguyên bản. Thực tế, với các loại bình chì axit thì có thể chạy từ 3 - 4 năm.